'

DeepView – The Swiss-PdbViewer

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

DeepView – The Swiss-PdbViewer


Слайд 1

Доступные режимы моделирования First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects от DeepView Oligomer modeling: моделирование multimeric proteins GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором Homology modeling


Слайд 2

The Optimise (project) mode


Слайд 3

1. Loading files SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file


Слайд 4

Finding homologous templates Поиск гомологичных шаблонов Скачивание выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View BLAST оценка Нажав Detail видим цель / детали шаблона выравнивания. Экспериментальные данные: метод и разрешение Ссылка на PDB, записи о PDB веб-сайтах Описание белков SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates


Слайд 5

Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл Finding homologous templates Edit>Blast Selection vs. ExPDB


Слайд 6

2. Generating a modeling - project Наложения и выравнивание всех гомологичных шаблоны - click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment - click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено автоматически) Целевая последовательность Шаблоны Целевая последовательность Унифицированные шаблоны


Слайд 7

Aligning the target sequence onto the templates Выравнивание последовательности-мишени на шаблонах Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования Создание предварительная 3D-структуры для цели


Слайд 8

Viewing the threading energy


Слайд 9

Manually refining the alignment Ручные процедуры выравнивания Внимание разрыв Удален пробел Оригинальный разрыв Перемещенный разрыв


Слайд 10

` Длинные связи соответствуют пробелам в последовательности-мишени Глобальные потоки энергии. Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня


Слайд 11

3. Submitting a modeling - project SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode Адрес Вашей электронной почты, имя и название проекта Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопку Browse, чтобы выбрать ваш проект Before submitting the modeling-project After submitting the modeling-project


Слайд 12

4 . Improving a return model


Слайд 13

Незначительные регулировки


Слайд 14

Display Modes Режимы отображения


Слайд 15

- Display > Slab: это включает и выключает Slab mode, который ограничивает молекулы, удаляя те группы, которые находятся слишком далеко от экрана (глубину Slab (в A) можно регулировать в настройках> Display) - Slab mode позволяет просматривать сечение конкретных групп, что очень полезно для изучения интерьера белков


Слайд 16

Обычные режимы отображения Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга Наиболее подходящий режим для прямого работы В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты


Слайд 17

Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D Preferences > Surfaces: Preferences > Ribbons: Preferences > 3D Rendering


Слайд 18

STEREOSCOPIC MODES Стереоскопические режимы отображения Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo


Слайд 19

Red and blue stereo Красный и синий Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается ‘-2’ градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - ‘+2’ градуса Preferences>Stereo Display Очки


Слайд 20

Side by side stereo Бок о бок Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект Настройка Stereoscopic View Settings - разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D - угол поворота в градусах


Слайд 21

Аппаратное стерео Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая половина экрана (слева) освещается ,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучатель Нет потери разрешения экрана


Слайд 22

SETTING PREFERENCES


Слайд 23

Loading preferences


Слайд 24

Real time display preferences


Слайд 25

Rock and Roll


Слайд 26

Labels settings


Слайд 27

Color settings


Слайд 28

Ribbon preferences


Слайд 29

Surface preferences


Слайд 30

Electrostatic potential parameters


Слайд 31

Electron density maps (EDM) parameters


Слайд 32

E minimization preferences


Слайд 33

H-bond detection threshold(порог обнаружения)


Слайд 34

Ramachandran Plot preferences


Слайд 35

Alignment window(окно выравнивания) preferences


Слайд 36

Swiss-Model server settings


Слайд 37

DeepView file server settings For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server:


Слайд 38

3D rendering parameters


Слайд 39

3D light settings


Слайд 40


×

HTML:





Ссылка: