'

Биоинформатика

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий


Слайд 1

Биоинформатика Разработка алгоритмов для анализа биологических данных большого объема Алгоритм поиска генов в геноме Анализ и интерпретация различных типов биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, домены белков, структура белков и т.д. Изучение структуры активного центра белка Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным Создание банка данных аминокислотных последовательностей


Слайд 2

Пионеры биоинформатики Лайнус Полинг 1962 Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1962. Molecular disease, evolution, and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New York, 189-225. Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166. Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных Гипотеза молекулярных часов


Слайд 3

Пионеры биоинформатики Маргарет Дейхофф Однобуквенный код аминокислот A,C,D,E,F,G,H… Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation) 1965 Атлас последовательностей белков и их структур (1965)


Слайд 4

Первый “банк данных” Атлас белковых последовательностей и их структур 1965 -1978 Первая версия атласа содержала описание 65 ! последовательностей белков


Слайд 5

Банк данных PIR-PSD PSD (Protein Sequence Database) – банк данных классифицированных и аннотированных белковых последовательностей одно из подразделений PIR прямой наследник атласа Дейхофф 1984 http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textpsd.shtml Текущий релиз 80 (31 декабря 2004) содержит 283 416 документов


Слайд 6

Банк данных Swiss-Prot 1986 Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях http://www.expasy.org/sprot/ Курируемая база данных “Золотой стандарт” аннотации


Слайд 7

Банк данных Swiss-Prot Амос Байрох Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики С 1987 поддерживается в сотрудничестве между Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) European Bioinformatics Institute (EBI)


Слайд 8

Банк данных Swiss-Prot Статистика роста количества документов Текущий релиз 45.5 (4 января 2005) содержит 167 089 документов


Слайд 9

Документ банка данных Swiss-Prot Описание документа: идентификатор, имя, дата создания и модификации Аннотация последовательности Последовательность


Слайд 10

Банк данных TrEMBL Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL Автоматическая классификация и аннотация TrEMBL (Translated EMBL) Текущий релиз 29.0 (1 февраля 2005) содержит 1 589 670 документов


Слайд 11

Тенденция объединения 2002


Слайд 12

Банк данных UniProt UniProt (Universal Protein Resource) UniProt Knowlegebase – UniProt UniProt Archive – UniParc UniProt Reference – UniRef


Слайд 13

Автоматическая трансляция Ручная аннотация кол. док. = 167 089 кол. док. = 1 589 670 кол. док. = 46 105 397


×

HTML:





Ссылка: