'

Популяционная генетика - 6

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Популяционная генетика - 6


Слайд 1

Факторы эволюции мутации отбор половое размножение генетико-автоматические процессы (генетический дрейф) миграция


Слайд 2

Как отличить Дарвина от Кимуры?


Слайд 3

тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds < 1 вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT


Слайд 4

dn/ds тест для отдельных ветвей филогенетического дерева Bazykin et al. PNAS 2006


Слайд 5

Bush et al. Science 1999


Слайд 6

Plotkin et al. PNAS 2000


Слайд 7

Positive selection mapping of HIV-1 protease from 40,000 patient samples. The Ka/Ks value represents the greatest selection pressure among all the individual amino acid mutations at each codon. The dotted line indicates the Ka/Ks value of 1 (Ka = dN, Ks = dS)


Слайд 8

Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous (Lower) substitutions on the phylogenetic trees. The mean distance between successive nonreversing substitutions is shown for codon sites with each total number of substitutions on the tree (dots). Solid lines present mean distances between successive substitutions within each sliding 30-site window. Dashed lines show mean distances between independent substitutions obtained in simulations. Bazykin et al. PNAS 2006


Слайд 9


Слайд 10

Amino acid sites inferred to be under positive selection in HIV-1 gp120. (A) Amino acid sites with >80 replacements. (B) Rapidly evolving sites previously inferred to be under positive selection. (C) Conservative sites (<80 replacements) with strongly clumped substitutions. Bazykin et al. PNAS 2006


Слайд 11


Слайд 12

тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds < 1 вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT


Слайд 13

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength


Слайд 14

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength


Слайд 15

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength


Слайд 16


Слайд 17


Слайд 18

Тест Макдональда-Крейтмана


Слайд 19

kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus


Слайд 20

Bazykin et al. Biology Direct 2007


Слайд 21

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength


Слайд 22

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength selectionstrength selectionstrength


Слайд 23


Слайд 24

Тест Макдональда-Крейтмана Основное объяснение: движущий отбор Альтернативное объяснение: усиление стабилизирующего отбора (напр. из-за увеличения размера популяции) этот тест чувствителен к особенностям популяционной демографии


Слайд 25

Ometto et al. Mol. Biol. Evol. 2005


Слайд 26

«Выметание» отбором


Слайд 27

«Выметание» отбором


Слайд 28

«Выметание» отбором


Слайд 29

«Выметание» отбором Вокруг сайта под отбором изменчивости не будет!


Слайд 30

«Выметание» отбором Hamblin and Di Rienzo, 2000 Am. J. Hum. Genet. 66:1669–1679


Слайд 31

«Выметание» отбором


Слайд 32

«Выметание» отбором


Слайд 33

«Выметание» отбором


Слайд 34

«Выметание» отбором


Слайд 35

«Выметание» отбором Вокруг сайта под отбором изменчивость понижена


Слайд 36

Неравновесие по сцеплению Sabeti et al., 2002 Nature 419:832-837


Слайд 37

kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus


Слайд 38

Lynch et al. Science 2003


Слайд 39

Lynch et al. PNAS 2007


Слайд 40


×

HTML:





Ссылка: