'

Часть I. Биосинтез метионина в бактериальных геномах (порядок Actinomycetales) Часть II. Биосинтез метионина в дрожжевых геномах (род Saccharomyces) Часть.

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0


Слайд 1

Часть I. Биосинтез метионина в бактериальных геномах (порядок Actinomycetales) Часть II. Биосинтез метионина в дрожжевых геномах (род Saccharomyces) Часть III. Биосинтез метионина в геномах аскомицет (Neurospora crassa, Aspergillus nidulans)


Слайд 2


Слайд 3

Бактериальные геномы. Corynebacterium glutamicum - предсказана оперонная организация регулона McbR - известен транскрипционный регулятор McbR (18 оперонов, объединяющие 36 генов) - на основании выравнивания регуляторных областей предсказан сайт связывания регулятора, для пяти потенциальных сайтов предсказание проверено экспериментально


Слайд 4


Слайд 5


Слайд 6

New! CysC: принимает участие в восстановлении сульфата New! MTA нуклеозидазы: восстановление пула метионина из побочного продукта биосинтеза полиаминов Предъявлено несколько новых членов регулона McbR:


Слайд 7

глутамин-амидотрансферазным доменом guaA B.subtilis Роль в биосинтезе метионина не очевидна Сходство с: -гомосерин-сукцинилтрансферазным доменом


Слайд 8

Дрожжевые геномы. Род Saccharomyces - длина регуляторных областей в среднем 600 п.н. - известно три транскрипционных регулятора биосинтеза метионина: Gcn4p. Глобальный регулятор биосинтеза аминокислот. Консенсус сайта связывания TGACTC. 2) Комплекс Met31/Met32. Функция не известна. Консенсус сайта сайта связывания AAACTGTGG. 3) Комплекс Cbf1/Met4/Met28. По видимому, основной регулятор биосинтеза метионина. Консенсус сайта связывания TCACGTG.


Слайд 9

1) Несмотря на довольно высокое качество выравниваний регуляторных областей, очевиден высокий уровень перепредсказаний (false-positives) вследствие слишком малых длин сайтов. 2) Замечено, что даже экспериментально подтвержденные сайты часто не консервативны Вводим понятие консервативности сайта: Предсказание сайтов в ортологичных регуляторных областях. Выравнивание регуляторных областей Smik___ATTTCTATCACGTGTGAATT Skudr__ATTTC-ATCACGTGCAGTTT Scer___ATTTC-ATCACGTGCGTATT Spar___ATTCC-ATCACGTGCGGATT *** * ******** ** Консервативность сайта в каждом геноме =1.0 met5 Scer_TTTCGCTCGTGGAAAA Spar_TTTCGCTCGTGCAAAA Smik_TTTTGCTCGTGGGAAA Sbay_TTACACTCGCGGAAAA ** **** * *** met13 В геноме S.bayanus консервативность сайта =0 Промежуточный вариант, консервативность =0.5: в сайте есть точечная замена, но он все еще удовлетворяет распознающему правилу


Слайд 10

Все сайты связывания регуляторов были разбиты на три группы: - показанные экспериментально («известные») - сильные предсказанные. Вес значительно выше порогового - слабые предсказанные. Пороговый вес. известные сильные предск. слабые предск. известные сильные предск. слабые предск. известные сильные предск. слабые предск. Даже экспериментально подтвержденные сайты связывания регуляторов не абсолютно консервативны Консервативность только «сильных» сайтов сравнима с таковой для экспериментально подтвержденных сайтов


Слайд 11

Аскомицеты. Neurospora crassa, Aspergillus nidulans - регуляторные области длиной до 3000 п.н. - предсказан консенсус сайта связывания регулятора вида ATG-n4-CAT. Показан для N.crassa - основная часть генов пути в N.crassa не картирована. Для A.nidulans известно больше генов, но не известно ни одного сайта связывания - нет геномов организмов, занимающих промежуточное положение между A.nidulans и N.crassa, таких как Magnaporthe grisea Задача: предъявить сайты связывания регулятора биосинтеза метионина для Aspergillus nidulans


Слайд 12

Выравнивания регуляторных областей: - длина регуляторных областей (3000 п.н.) - наличие инсерций/делеций длиной в среднем в 200 п.н. - низкое качество выравниваний - длина сайтов связывания транскрипционного фактора (10 п.н.) - центральные нуклеотиды сайтов связывания не информативны


Слайд 13

Cys14_1 TGTTCGCTGATGCCATTCATT ACAAGCGACTACGGTAAGTAA Cys14_2 TTTTCGCTTGGGGATGACGTGC AAAAGCGAACCCCTACTGCACG Cys14_3 1990: TTGAGAACATTGCGCCATGAAACCCCTGGGATGTCGTCATGTTAAAGG AACTCTTGTAACGCGGTACTTTGGGGACCCTACAGCAGTACAATTTCC Cys3 CCGAGAATGGTGTCATTTCTCGTGACTTTGGGGGGATTGCACCATCGAGGGG GGCTCTTACCACAGTAAAGAGCACTGAAACCCCCCTAACGTGGTAGCTCCCC ??? - спейсер в 5 п.н. - неконсусный сайт ??? Проверенные способы интерпретации экспериментально показанных сайтов: - двухбоксовый сайт со спейсером 4-5 п.н. - варьирующий спейсер между двумя сайтами - поиск по предложенному консенсусу


Слайд 14

Работа была выполнена под руководством М.С.Гельфанда Спасибо за внимание!!!!


×

HTML:





Ссылка: