'

Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных экспертов на основе экспериментальной информации, описанной в научных статьях. Организована в 1986 году – SIB+EBI+PIR+GU = prof. Amos Bairoch На сегодняшний день – Release 56.2 - 398181 последовательностей Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot


Слайд 1

UniProt DB UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database) TrEMBL – Release 39.2 - 6534543 sequences


Слайд 2

Поиск белка в Swiss-Prot (по названию)


Слайд 3

Advances search


Слайд 4

Результаты


Слайд 5

Выборка гомологичных белков


Слайд 6

Сохранить в FASTA формате


Слайд 7

Стандартная запись Swiss-Prot


Слайд 8

Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения


Слайд 9

NiceZyme (ферменты)


Слайд 10

Taxonomy Browser


Слайд 11

Ссылки на статьи, использованные для аннотации


Слайд 12

Комментарии


Слайд 13

Продолжение


Слайд 14

Возможные разделы Комментариев


Слайд 15

Cross-References


Слайд 16

Cross-References регистрация


Слайд 17

3D-Structure (список структур)


Слайд 18

Reactome


Слайд 19

Полиморфизмы


Слайд 20

2D GEL + курсор


Слайд 21

Cross-References


Слайд 22

GO terms Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации


Слайд 23

Cross-References, Keywords


Слайд 24

KEGG


Слайд 25

KEGG (pathway viewer)


Слайд 26

DrugBank


Слайд 27

Keywords


Слайд 28

Словарь ключевых слов


Слайд 29

Feature Table


Слайд 30

Координаты в Feature table


Слайд 31

Feature table, продолжение


Слайд 32

Feature Table, продолжение Только экспериментальные


Слайд 33

Feature Table viewer (Sequence Element viewer)


Слайд 34

Feature aligner Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать их в FASTA формате


Слайд 35

Sequence


Слайд 36

Sequence, продолжение


Слайд 37

FASTA format Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman): >(the definition line)_уникальный_ID + короткое описание ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ RAW format – без definition line


Слайд 38

NiceProt view


×

HTML:





Ссылка: