'

Сравнительный анализ пространственных структур белков

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Сравнительный анализ пространственных структур белков 2. Разнообразие формы белков (начало)


Слайд 1

Пример 1: Белки, не имеющие постоянной формы Протимозин альфа


Слайд 2

Фибриллярные белки Coiled coil (миозин, альфа-кератин) Тройная спираль (коллаген) Бета-спираль (паутина)


Слайд 3

Пример 2a: Миозин – фибриллярный белок Схема из книги C.Branden, J.Tooze “Introduction to protein structure”


Слайд 4

Пример 2b: Тропомиозин из сердечной мышцы кролика (это не миозин, но тоже двойная спирализованная спираль - coiled coil) PDB 2TMA. РСА, разрешение 15 ангстрем Две параллельные альфа-спирали


Слайд 5

Упражнение: примерно какой длины последовательность спирализованного хвоста миозина?


Слайд 6

2c: Как coiled coil проявляется в последовательности? Например, лейциновой молнией Белок SCP1 из синаптонемного комплекса – тоже coiled coil


Слайд 7

2d: Как лейциновая молния (Leucine zipper) проявляется в структуре? Показаны каждый 7й остаток цепей A и B; Leu - зеленые (A) и темнозеленые (B) Лейциновая молния PDB код 1ci6


Слайд 8

Пример 2e: использование лейциновых молнии в транскрипционных факторах для узнавания участков ДНК с определенной последовательностью (“специфическое узнавание ДНК”)


Слайд 9

Большая бороздка Малая бороздка Большая бороздка Сахарофосфатный остов ‘прямой’ цепи Сахарофосфатный остов ‘обратной’ цепи 5’ 5’ 3’ 3’ Вот что нужно узнавать!


Слайд 10

Вот как расположены домены ‘лейциновая молния’ при связывании ДНК 1NWQ: транскрипционный фактор CCAAT/enhancer-binding protein (C/EBPs) крысы


Слайд 11

Белки colied coil 1M1J: native chicken fibrinogen три параллельных спирали. 2.7A 1QU7: E.coli cytoplasmic domain of a serine chemotaxis receptor.2.6A Четыре антипараллельных спирали


Слайд 12

Пример 3: тропоколлаген – тройная спираль 1BKV: синтетический коллагеноподобный белок с природной последовательностью PRO-HYP- GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-ILE-THR-GLY-ALA-ARG-GLY-LEU-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP- ========= G-X-X


Слайд 13

Три цепи тройной спирали одинаковы, регулярны, параллельны и “близки” к бета-тяжам


Слайд 14

Тройная спираль удерживается водородными связями остовных атомов Цепь A Цепь C Цепь B i-я тройка (i+1)-я i-я тройка: Gly-Pro-Hyp (i+1)-я: Gly-Pro-Hyp


Слайд 15

Схема водородных связей в тройной спирали. Полярные атомы Gly.O и Hyp.O не образуют водо- родных связей


Слайд 16

ПРАВИЛО: Цепь A Цепь C Цепь B Gly.N из (i+1)-й тройки цепи образует водородную связь с Pro.O из i-й тройки следующей по стрелке цепи


Слайд 17

Еще одна схема тех же связей


Слайд 18

Модель коллагена (5 цепей тропоколлагена) Соседние тропоколлагены связаны водородными связями гидроксильных групп гидроксипролина с остовными кислородами


Слайд 19

Пример 4. Фиброин паутины -бета-спираль


Слайд 20

Миоглобин свиньи в комплексе с гемом, O2


Слайд 21

Токарный станок – это фермент, катализирующий реакцию превращения заготовки в деталь, имеющую цилиндрическую, коническую или любую форму тела вращения 3 м 3 см


×

HTML:





Ссылка: