'

Сравнительная геномика регуляторных и метаболических систем

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Сравнительная геномика регуляторных и метаболических систем М. Гельфанд ИППИ РАН Отчетная конференция программы «Моекулярная и клеточная биология» Апрель 2009


Слайд 1

Вторичные структуры РНК, регулирующие альтернативный сплайсинг генов дрозофилы Консервативные комплементарные последовательности на концах интронов по 150 нт. с обоих концов интрона консервативность минимум в 7 из 12 геномов максимум 3 различия стабильные (потенциально) спаренные участки минимум 9 комплементарных пар оснований минимум 2 пары GC максимум 1 пара GU 202 интрона, содержащих такие последовательности (сковородки)


Слайд 2

Статистический анализ Контроль: случайные концы интронов уровень ложных предсказаний 6±4% при более мягких параметрах интронов-сковородок намного больше, но уровень шума также растет. Свойства: среди интронов-сковородок более 50% альтернативных (в среднем 17%) у интронов-сковородок более слабые акцепторные сайты сплайсинга среди сковородок больше длинных интронов среди генов со сковородками много генов, экспрессирующихся в клетках нервной системы, особенно ионных каналов


Слайд 3

CG33298 АТФаза, участвующая в транслокации фосфолипидов. Альтернативные донорные сайты => альт. С-концы.


Слайд 4

Atrophin Корепрессор транскрипции, деацетилаза гистонов. Новый альтернативный акцепторный сайт.


Слайд 5

Nmnat Никотинамид мононуклеотид аденилилтрансфераза. Альтернативные донорные сайты => альт. С-концы.


Слайд 6

Аналогичные структуры в других геномах 10 позвоночных 5 нематод


Слайд 7

Т-боксы 805 Т-боксов в 96 бактериальных геномах Необычные структуры Т-боксы II типа, регуляция трансляции (Actinobacteria) двойные полуторные


Слайд 8

Реконструкция эволюционной истории Дупликации, изменения специфичности


Слайд 9

Положительный отбор в альтернативно сплайсируемых областях генов человека Тест МакДональда-Крейтмана: сравнение полиморфизмов (человек) и зафиксированных замен (человек-шимпанзе) 25-35% позиций в минорных альтернативных областях эволюционируют под влиянием положительного отбора – это первый такой пример (раньше были только отдельные гены)


Слайд 10

Новый класс бактериаль-ных транс-портеров: универсальное «заряжающее устройство» + специфи-ческие компоненты (иногда способные к независимой работе)


Слайд 11

Другие исследования Регуляция транскрипции у бактерий Метаболизм NAD (протеобактерии) Катаболищм жирных кислот и разветвленных аминокислот (протеобактерии) Синтез метионина и цистеина (стрептококки) Ответ на радиационный стресс (дейнококки) Дыхание (гагмма-протеобактерии) SOS-ответ (гамма-протеобактерии) Системы рестрикции-модификации Моделирование Модель поиска фактором транскрипции участков связывания в ДНК Модель эволюции участков связывания факторов транскрипции Функциональная аннотация – другие объекты Участки начала репликации Системы синтеза низкомолекулярных микроцинов РНК-переключатели в метагеномах Альтернативный сплайсинг Консервативность альтернативных экзон-интронных структур в геномах млекопитающих Ошибки сплайсинга и мутации, затрагивающие сайты сплайсинга


Слайд 12

Публикации 2007 Chem. Rev. (22.8) Proc. Natl. Acad. Sci. USA (9.6) Nucleic Acids Res. (6.9) Molecular Microbiology (5.5) J. Mol. Biol. (4.5) 2 ? BMC Genomics (4.2) 3 ? BMC Evol. Biol. (4.1) Appl. Environ. Microbiol. (4.0) FEMS Microbiol Lett. (2.3) Biometals (2.2) 4 ? Мол. биология (0.8) PLoS ONE (-) 2008 Am. J. Hum. Genet. (11.0) Nucleic Acids Res (6.9) RNA (5.8) Brief. Bioinform. (4.4) BMC Genomics (4.2) BMC Evol. Biol. (4.1) Physics of Life Rev. (-) 2009 2 ? Nucleic Acids Res. (6.9) Structure (5.2) BMC Genomics (4.2) 2 ? J Bacteriology (4.0)


Слайд 13

Участники А.А.Миронов (АС – РНК, положительный отбор) Д.Д.Первушин (РНК и АС) А.Г.Витрещак (Т-боксы) Д.А.Родионов (транспортеры) В.Е.Раменский, ИМБ (АС – положительный отбор) V.Raker, Барселона (РНК и АС – эксперимент) A.Osterman, Сан Диего (транспортеры) T.Eitinger, Берлин (транспортеры) А.Голанд С.Денисов Е.Ермакова Ф.Еникеева А.Е.Казаков Г.Ковалева Ю.Коростелев Е.Курмангалиев П.Мазин Р.Нуртдинов Е.Пермина Д.Равчеев А.Б.Рахманинова С.Родионова В.Сорокин Е.Ставровская Е.Храмеева О.Цой Другие проекты программы МКБ: И.И.Артамонова, ИОГен (CRISPR) К.В.Северинов, ИБГ (фаги, микроцины, Р-М системы)


Слайд 14


×

HTML:





Ссылка: