'

3D-структура белков (введение во введение и повторение школьных знаний) А.Б.Рахманинова, Д.А.Равчеев, 2009

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

3D-структура белков (введение во введение и повторение школьных знаний) А.Б.Рахманинова, Д.А.Равчеев, 2009


Слайд 1

Что такое белок? Белок – линейный гетерополимер, мономерами которого являются L-?-аминокарбоновые кислоты L-аланин


Слайд 2

Пептидная связь


Слайд 3

Пептидная связь Пептидная связь прочнее, чем другие амиды Атомы пептидного звена ( C?-C-N- C?) лежат в одной плоскости Валентные углы у атомов С и N примерно равны 120? Вращение вокруг связи C-N затруднено Возможны cis- и trans-конфигурации; в белках преобладают trans Карбонильный кислород – хороший акцептор водорода, а амидный азот – хороший донор водорода


Слайд 4

Вращения вокруг связей в остове белка


Слайд 5

Двугранные (торсионные) углы


Слайд 6

Двугранные (торсионные углы) Могут принимать значения от –1800 до +1800 B?D? совмещается с B?A? поворотом против часовой стрелки B?D? совмещается с B?A? поворотом по часовой стрелке Построим проекции всех связей на плоскость, перпендикулярную связи В-С


Слайд 7

Вращения вокруг связей в остове белка


Слайд 8

Карта Рамачандрана: даже в полиглициновой цепи существуют стерические ограничения Карта запрещенных   ( ) конформаций глицина


Слайд 9

Уровни организации структуры белка Первичная структура Вторичная структура Укладка (fold) Третичная структура Четвертичная структура


Слайд 10

Первичная структура Первичная структура – это аминокислотная последовательность: Met-Ala-Gly-Trp-Ala-Val-Asp……..


Слайд 11

Вторичная структура Вторичная структура белка – это упорядоченные расположения атомов основной цепи полипептида, безотносительно к типам боковых цепей (групп) и их конформациям. Если упорядоченность такова, что двугранные углы одинаковы у всех остатков, то говорят о регулярной вторичной структуре. Регулярными вторичными структурами являются спирали и ?– структуры. Пример нерегулярной вторичной структуры – ?–поворот (?–изгиб, реверсивный поворот).


Слайд 12

Вторичная структура Любую регулярную структуру можно представить в виде линейной группы, т.е. спирали. Спираль можно описать с помощью следующих параметров: d – смещение вдоль оси, в расчете на 1 элемент (атом С?), r – расстояние от С?–атома до оси, n – число элементов на один виток спирали, хиральность (направление закрутки) определяется знаком , «+» - правозакрученные структуры, «-» – левозакрученные. /Г.Шульц, Р.Ширмер «Принципы структурной организации белков»/


Слайд 13

Регулярные вторичные структуры


Слайд 14

Укладка (fold) Укладкой называют организацию в пространстве элементов регулярной вторичной структуры ?-спиральные белки


Слайд 15

?-структурные белки


Слайд 16

?/?-белки Пример белка с двумя разными структурными доменами


Слайд 17

куеукеуеке


Слайд 18

Третичная структура Третичной структурой называют расположение в пространстве всех атомов одной полипептидной цепи. Т.о. описание третичной структуры включает в себя описание элементов вторичной структуры, описание типа укладки, описание структуры петель, описание конформаций боковых групп всех аминокислотных остатков.


Слайд 19

Третичная структура Третичной структурой называют расположение в пространстве всех атомов одной полипептидной цепи. Т.о. описание третичной структуры включает в себя описание элементов вторичной структуры, описание типа укладки, описание структуры петель, описание конформаций боковых групп всех аминокислотных остатков.


Слайд 20

Гидрофобные взаимодействия – главный фактор, заставляющий глобулу свертываться


Слайд 21

Вспомогательные взаимодействия: водородные связи


Слайд 22

Ионные пары


Слайд 23

Дисульфидные мостики характерны для секретируемых белков


Слайд 24

От четвертичной структуры к молекулярным машинам


Слайд 25

От четвертичной структуры к молекулярным машинам


×

HTML:





Ссылка: