'

Минисателлиты в эукариотических геномах

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Минисателлиты в эукариотических геномах Боева Валентина Всеволод Макеев


Слайд 1

Микро- и минисателлиты В эукариотических геномах представлено большое разнообразие различных регулярных структур. Значимую их часть составляют Тандемные повторы с длиной периода от 2 до ~ 6 называют микросателлиты …tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta… gggaagg-tgatggggaaggatgat gggaaggatgatggggaaggatgat ggtaaggatgatggagaaggatgat …ccaccatcaccaccaccaccatcaccatcaccaccaccatcaccatcactaccaccaccaccaccaccaccatcactacca… ggcagggggcagggggcagggggcagggggcagggggc тандемные повторы. Тандемные повторы с длиной периода от 6 до ~ 100 называют минисателлиты


Слайд 2

Механизмы появления и размножения: Микросателлиты: Диссоциация репликативного комплекса от реплицирующейся нити ДНК с последующим смещением при реассоциации (replication slippage) Неравный кроссинговер Минисателлиты: Неравный кроссинговер Более сложные механизмы (интра- интергенные обмены, например, инсерции фрагментов донорской аллели могут быть фланкированы дупликациями реципиентной аллели или сопровождатся делециями).


Слайд 3

Возможные функции микросателлитов Влияние на транскрипцию (например, из-за образования не-В структур ДНК, или белки могут образовывать комплекс с повтором). Влияние на трансляцию (напр., белки узнают повторы СUG на 5’-конце РНК) Повторы, входящие в состав структурного гена, могут обуславливать повторы в белке и белковый полиморфизм. Инсуляция (микросателлиты могут образовывать сайты узнавания СTCF, значимые на инсуляции). … тринуклеотидные повторы CTG/CAT связаны с различными неврологическими заболеваниями (всего 14: миотоническая дистрофия, болезнь Хантингтона, спиноцеребральной атаксия и др.)


Слайд 4

GGG-повторы, сами по себе, так и содержащиеся в более крупных минисателлитных единицах, могут формировать G-квадруплекс, способные стабилизировать различные клеточные лиганды. Альтернативный сплайсинг теломеразы с образованием неактивного фермента также связан с наличием GGG-повторов. Связь с импринтингом. Это CpG-богатые повторы в СpG-островах. Потеря повторов может коррелировать с потерей импринтинга. Предполагается участие повторов в контроле репликации и клеточного цикла (мутационная нестабильность повторов может привести к опухолеобразованию Возможные функции минисателлитов


Слайд 5

Цель работы: Исследовать распределения микро- и минисателлитов с различными характеристиками в геномах эукариот D. melanogaster H. sapiens R. norvegicus G. gallus C. elegans A. mellifera T. nigroviridis D. rerio


Слайд 6

TandemSWAN для поиска повторов Для поиска повторов в ДНК мы использовали программу TandemSWAN, которая ищет повторы в ДНК, оценивая статистическую значимость найденных структур Она отличается от большинства других доступных программ, предназначенных для поиска тандемных повторов в ДНК, таких как Tandem Repeat Finder, RepeatMasker или mreps, в основном тем, что позволяет найти более вырожденные длинные повторы и тем, что оценивает их статистическую значимость.


Слайд 7

Распределение длин периодов повторов Для каждого организма большая часть генома оказывается покрыта вырожденными или строгими повторами, найденными программой TandemSWAN. Но более значимые из них можно отфильтровать, основываясь на значении p-value.


Слайд 8

Выбор порога фильтрации 10-15 Порог фильтрации был выбран так, чтобы вероятность наблюсти данную периодическую структуру на произвольной позиции была не больше 10-15. Таким образом, у нас остаются либо повторы коротких мотивов с большим числом копий либо с меньшим числом копий, но длина повторяющегося юнита большая. …tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta…


Слайд 9

Картинка для хромосом разных видов …Здесь трудно что-то понять ?


Слайд 10

Картинка для хромосом разных видов …без человека C. elegans zebrafish honey bee contigs X


Слайд 11

Картинка для хромосом человека ALUs chrX period 42 period 48 period 67


Слайд 12

Картинка для хромосом млекопитающих крыса Х-хромосома собаки


Слайд 13

Картинка для хромосом разных видов крыса


Слайд 14

Картинка для хромосом разных видов курица половые хромосомы


Слайд 15

Картинка для хромосом разных видов рыб Кратные трем


Слайд 16

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23


Слайд 17

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 C. elegans


Слайд 18

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 D. melanogaster


Слайд 19

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 человек zebrafish собака


Слайд 20

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 крыса


Слайд 21

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 пчела


Слайд 22

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23 Tetraodon


Слайд 23

Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем Крыса, chr10 и chr12 Собака, chr1 и chrX Zebrafish, chr1 и chr20


Слайд 24

Выводы Для различных организмов патерны минисателлитов различны. Даже для двух рыб. Человек сильно отличается от всех других видов, в частности благодаря наличию Alu повторов и других классов минисателлитов Распределение минисателлитов в половых хромосомах обычно отличается от распределения в аутосомах


Слайд 25

Спасибо Миронову Андрею Александровичу, Есиповой Наталье Георгиевне, Мирей Ренье, Марине Фридман и Нике Опариной! И вам за ваше внимание!!! ?


×

HTML:





Ссылка: