'

Программа MEME

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Программа MEME Множественное локальное выравнивание http://meme.nbcr.net/meme4_3_0/cgi-bin/meme.cgi


Слайд 1

Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов


Слайд 2

Онлайн форма MEME Следует заполнить: Email Загрузить файл с последовательностями в FASTA-формате (или paste в текстовое поле) Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании Один От нуля до одного Любое число раз


Слайд 3

Основные результаты MEME Для каждого блока SEQUENCE LOGO log likelihood ratio(LLR) E-value p-value PSSM (position-specific scoring matrix PSPM (position-specific probability matrix)


Слайд 4

MEME vs Muscle Блоки MEME не обязательно во всех последовательностях Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle


Слайд 5

PSSM (position-specific scoring matrix) LQEHFHC LQEFFHC LECYFGS 1234567


Слайд 6

Motif file name: MEME motifs from sequences in file pasted_sequences. Number of motifs: 1 Total motif columns: 46 Motif alphabet: PROTEIN Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa) Displaying sequences with E-value < 10 Motif display threshold: motif p-value < 0.0001


Слайд 7

Основные результаты MAST


×

HTML:





Ссылка: