'

Введение в эволюционную и медицинскую геномику, часть II ФББ МГУ, весна 2008

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Введение в эволюционную и медицинскую геномику, часть II ФББ МГУ, весна 2008


Слайд 1

Что, где, когда ФББ МГУ, весна 2008, вторники, 17-30, ауд. 406 www: (1) УНЦБ «Биоинформатика», раздел «Обучение», X семестр, http://www.rtcb.iitp.ru/training_r.htm (2) http://www.imb.ac.ru/~ramensky


Слайд 2

Часть II, весна 2008. План курса Полиморфизм генома человека. Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и мутации, их типы и роль в формировании фенотипа. Менделевские заболевания. Сложные заболевания. Примеры. Ассоциативные исследования. Предсказание эффекта мутаций с помощью вычислительных методов. Конструирование лекарств. Основные требования к лекарствам. Поиск белков-мишеней и вычислительное конструирование ингибиторов. Дополнительные темы: обсуждение. GATTACA.


Слайд 3

Литература Генетика. В.И.Иванов и др., Академкнига, 2006 Психогенетика. И.В.Равич-Щербо, Т.М.Марютина, Е.Л.Григоренко., Аспент-пресс, 2004 Геномика – медицине. Под ред. В.И.Иванова и Л.Л.Киселева, Академкнига, 2005 Evolution in Health and Disease, Ed. by Stephen C. Stearns, Oxford University Press, 2007 Human Genetics - Concepts and Applications. R. Lewis, McGraw-Hill, 2003 Fundamentals of medicinal chemistry. G.Thomas, Wiley, 2003


Слайд 4

Эволюция: передача генетического материала отсутствие «нормального состояния» Медицина: забота об «оболочке» существование нормы Медицина vs эволюция


Слайд 5

Медицина vs эволюция Медицина – эволюции: Данные о фенотипах Эволюция – медицине: Что действительно является заболеванием? (непереносимость лактозы) Неприсобленность тел к современности (ожирение, астма, онкология, репродуктивная медицина) Инфекция с точки зрения патогена (коэволюция патогена, хоста и фармацевтической индустрии) Тело как система «сдержек и противовесов» (фенотипические признаки являются компромиссом)


Слайд 6

…Геномика! 2008 – «год геномного полиморфизма» 1000 Genomes: A Deep Catalog of Human Genetic Variation http://www.1000genomes.org/


Слайд 7


Слайд 8

Фенотипические проявления геномного полиморфизма Никак не проявляющиеся (нейтральная вариабельность) Нейтральные с т.зр. приспособленности (внешний вид) Менделевские (моногенные) заболевания Сложные заболевания Реакция на факторы окружающей среды Реакция на лекарственные препараты


Слайд 9

Факторы, формирующие геномный полиморфизм Мутационный процесс, рекомбинация и пр. Отбор (положительный, стабилизирующий, балансирующий; географически локализованный; глобальный, но разной силы; изменяющийся во времени) Генетический дрейф Демографические факторы («бутылочное горлышко», расширение популяции, изоляция, миграция)


Слайд 10

Распространенность геномного полиморфизма Отдельные индивидуумы (редкие мутации) Популяция («private SNPs») Все популяции с различными частотами


Слайд 11

Основные виды геномного полиморфизма STR (short tandem repeats, 2-10bp x10-100, ~10,000 описанных случаев в геноме) SNP (single nucleotide polymorphisms, ~3-5 млн с частотой >1%) CNV (copy number variants, >40kb, 3,654 случаев у 95 индивидуумов, макс. различие 9Mb)


Слайд 12

Определение SNP (single nucleotide polymorphism): существование в популяции на одной и той же позиции геномной ДНК двух нуклеотидных вариантов с частотой более редкого варианта (аллеля) ?1% Na+Ng = N, Na/N ?0.01, Ng/N ?0.01


Слайд 13

SNP в геноме человека


Слайд 14

SNP в геноме человека Самый частый (~90%) тип геномного полиморфизма Средняя гетерозиготность: ~10-4, т.е. 3-5 млн различий между случайными гапл. геномами У H.s. как вида ~10 млн полиморфных сайтов с SNP (?1%) (Kruglyak & Nickerson, 2001) Кроме того, существуют многие миллионы редких SNPs Очень небольшое число сайтов в геноме (~0.1%, Г.Крюков, 2008, личное сообщение) абсолютно консервативны


Слайд 15

T, млн лет ~5.0 H.Sapiens / P.Troglodytes Выход H.S. из Африки 0.1-0.2 Характерные времена и следствия Нет общего полиморфизма с другими видами Большая часть SNP (~85%) одинакова у всех людей Основное различие между популяциями в частотах SNP


Слайд 16

dbSNP build 128 (Oct. 2007) Statistics:


Слайд 17

Классификация SNP по положению в геноме 1. Гены 1.1 UTR 1.2 Экзоны (cSNP) 1.2.1 синонимичные(sSNP) 1.2.2 несинонимичные (nsSNP) 1.3 Интроны 1.4 Сайты сплайсинга 2. Регуляторные участки генов (rSNP) 3. Межгенные участки


Слайд 18


×

HTML:





Ссылка: