'

Быстрые пути эволюции белков. Домен. БД PFAM, InterPro.

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Быстрые пути эволюции белков. Домен. БД PFAM, InterPro. Четвертый семестр, занятие 6, 2010, ? А.Б.Рахманинова


Слайд 1

Первые же попытки классификации коллекций аминокислотных последовательностей показали существование семейств гомологичных белков консервативных мотивов в негомологичных белках


Слайд 2

Домен – относительно консервативный в процессе эволюции непрерывный и достаточно длинный фрагмент последовательности. Последовательность может содержать один или несколько доменов


Слайд 3

Домены, найденные в последовательностях, часто, но далеко не всегда совпадают со структурными доменами.


Слайд 4

Словарик


Слайд 5

Ничто удачное не должно пропасть даром Точечные мутации ? медленный путь эволюции Быстрый путь ? дупликация Дуплицируются короткие фрагменты, домены, гены, кластеры генов, хромосомы, геномы Вторая копия может приобрести новые функции Почему это интересно?


Слайд 6

Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию Паралоги — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции. Пример 1: дупликация генов (повторяем)


Слайд 7

Comparison of gene structures and their sequence similarities. Logsdon J M , Doolittle W F PNAS 1997;94:3485-3487 ©1997 by The National Academy of Sciences of the USA Пример 2: дупликация короткого повтора


Слайд 8

Пример доменных перестроек: не только дупликации!


Слайд 9

Пример 4


Слайд 10

Домен – единица эволюции, структуры и функции белков. Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белок может состоять из одного или многих доменов.


Слайд 11

Pfam http://pfam.sanger.ac.uk Большая коллекция семейств доменов Для каждого семейства есть множественное выравнивание и профиль-HMM . Состоит из 2-х частей: PfamA – курируемая часть, покрывает 76% UniProt PfamB – большое число маленьких семейств из автоматически сгенерированной базы доменов, не вошедших в PfamA (раньше – ProDom, теперь – ADDA) . Удобна для анализа доменной структуры белков.


Слайд 12

Язык Pfam : Семейство – коллекция гомологичных белков. Домен – структурная единица, которую можно найти во множественном выравнивании. Повтор – короткая единица, нестабильная сама по себе, но образует стабильные структуры, если есть много копий. Мотив – короткая единица структуры вне глобулярных доменов. Клан – группа родственных записей.


Слайд 13

Pfam Prosite Prints Blocks Smart (ProDom, PIRaln, ProClass, Systers, Picasso etc. not shown) Сравните


Слайд 14

Создание интегрированной базы данных InterPro PROSITE PFAM PRINTS InterPro entries IPR000001- IPR011000 Интегрирование родственных подписей «вручную» ProDom SMART TIGRFAMs PIRSF SUPERFAMILY InterPro- an integrated resource of protein families, domains and functional sites.


×

HTML:





Ссылка: