'

12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.


Слайд 1

Что необходимо, чтобы белок мог находиться внутри липидного бислоя? Липидный бислой цитоплазма межклеточное пространство


Слайд 2

Терминология связаны с поверхностью липидного бислоя электростатическими силами Мембранные белки интегральные периферические политопические монотопические трансмембранные белки (TM)


Слайд 3

Решение #1: альфа-спираль водородные связи i+4 -> i


Слайд 4

Примеры: BACTERIORHODOPSIN Одиночная ?-спираль или несколько спиралей (> 90% of TM белков) ATP SYNTHASE


Слайд 5

Решение #2: Beta-barrel


Слайд 6

Примеры: PDB = 1EK9, from ESCHERICHIA COLI PDB = 2POR, PORINE Beta barrels – внешняя мембрана грамотрицательных бактерий, а также мембраны митохондрий и хлоропластов


Слайд 7

Общая топология TM белков


Слайд 8

Правило von Heijne “the positive-inside rule”


Слайд 9

Шкала гидрофобности


Слайд 10

http://www.tcdb.org/ Transporter Classification Database


Слайд 11

V.W.X.Y.Z


Слайд 12

 V (число ) – класс транспортера:  W (буква) - подкласс; для активных транспортеров определяет источник энергии  X (число) - семейство белков (иногда – суперсемейство, т.е. сходство последовательностей недостоверное, но структурно белки сходы)  Y (число) - подсемейство   Z - определяет специфичность транспортируемых веществ Категории классификации TC


Слайд 13

Активный транспорт Использует АТФ Superfamily: The ATP-binding Cassette (ABC) транспортирует мальтозу Пример: белок MALF_ECOLI, TC 3.A.1.1.1


Слайд 14

http://opm.phar.umich.edu/ Ориентация белка определяется минимизацией энергии ?Gtransfer, с учетом параметров d, z0, ? и ?  в системе координат, в которой ось Z совпадает с нормалью бислоя


Слайд 15

В чем проблема? От 15% до 30% от общего числа белков — белки с хотя бы одной трансмембранной спиралью Всего ?72244 белковых структур. Мембранных - 279 (0.39% ), 2011


Слайд 16

По профилю гидрофобности C учетом TMHMM (предсказание TM ?-спиралей) для ?-баррелей – отдельный подход (например, PRED-TMBB) По 3D структуре гомолога По множественному выравниванию Способы предсказания трансмембранных участков


Слайд 17

Как оценить качество паттерна или профиля? Или как оценить качество предсказания?


Слайд 18

Ошибки первого рода (FP): отвергается нулевая гипотеза, а она соответствует действительности. Ошибки второго рода (FN): принимается нулевая гипотеза, а она не верна. Ошибки третьего рода: справедливо отвергнута нулевая гипотеза на основе неверных соображений. Ошибки……


Слайд 19

Сравнение нескольких предсказаний: ROC-кривые


×

HTML:





Ссылка: