'

Инструкция Swiss PDB Viewer

Понравилась презентация – покажи это...





Слайд 0

Инструкция Swiss PDB Viewer Выполнила: Магистрант 1 года Авсиевич Т. И.


Слайд 1

Моделирование на основании гомологии для каждого белка был получен хотя бы один структурный гомолог (идентичность >30%)


Слайд 2

Homology modeling Моделирование неизвестной структуры одного белка, на основании его гомологичности с другим, для которого структура доподлинно известна и подтверждена экспериментальным путем (Кристаллография, ЯМР)


Слайд 3

ExPASY (Expert Protein Analysis System) Экспертная система анализа белков – протеомный сервер Института Бионформатики Швейцарии, который содержит еще несколько баз данных: SWISS-PROT TrEMBL PROSITE PDB


Слайд 4

Подходы: Полностью автоматическое выравние последовательности шаблона и модели. Первичная последовательность белка моделируется путем добавления его в формате Fasta в Swiss-Model (http://www.expasy.org/swissmod) Оптимизация с помощью DeepView Олигомерное моделирование


Слайд 5

http://www.expasy.org/swissmod


Слайд 6

Optimise (Project) mode 1) Загрузка файла моделируемого белка: File>Import>Grab from server SwissProt Seq или SwissModel>Load Raw Sequence Загрузка файла белка-шаблона: Edit>BLAST Selection vs. ExPDB или • SwissModel>Find Appropriate [ExPDB Templates


Слайд 7

Создание проекта моделирования Если загружается несколько образцов: Fit>Iterative Magic Fit Fit>Fit Raw Sequence Выравние модельной последовательности и построение 3D модели: Fit>Fit Raw Sequence Подгонка вручную: Alignment window Для модели, состоящий из нескольких субъединиц: SwissModel>Homo Multimer Mode


Слайд 8

Loading a target sequence Загрузка последовательности моделируемого белка FastA: SwissModel>Load Raw Sequence Select a Text File SWISS-PROT: File>Import В окне Import вводится шифр, далее SwissProt seq


Слайд 9

Загружаю файл в формате FASTA с PDB Открываем его как текстовый файл


Слайд 10

1. Загрузка моделируемой последовательности (мишень)


Слайд 11

2.Поиск гомологичной последовательности (шаблона) Выделяем все молекулы мишени Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи) Кликните на файл для загрузки


Слайд 12

3.Создание проекта модели Управление выравниванием между последовательностями модели и шаблона Будет создано выравние, по которому DeepViewer построит трехмернцю модель В случае, если выбрано несколько шаблонов, то сначала для них выполняется функция суперпозиция – команда Fit>Iterative Magic Fit


Слайд 13

4.Выравнивание последовательности мишени по шаблонам Fit>Fit Raw Sequence Если загружено более 1 структуры, то вырание идет по первой, а далее снужно ссылаться на слои Линии между аминокислотами – идентичны 2 точки – очень похожи 1 точка – мало похожи


Слайд 14

Ручное управление выравниванием Окно Alignment Для вставки разрыва в последовательности используйте пробел Для удаления разрыва используйтся backspace Для перемещения аминокислоты или группы аминокислот используются клавиши вправо\влево


Слайд 15

Для наиболее удобного управления используйте окно Graphic – разрыв в последовательности модели представлен длянной пептидной связью Alignment – энергетическая зависимость последовательностей (между аминокислотами)


Слайд 16

Отправка результатов моделирования на e-mail


Слайд 17

Cовершентствование модели Построенная 3D модель будет отправлена на почту в виде PDB файла Участки окрашенные голубым цветом – хорошое совпадение Красные участки – полностью достроенные, не точны


Слайд 18

В зависимости от качества модели: Незначительная корректировка боковых цепей: При значительных недостатках, моделирование повторяется


Слайд 19

3 типа изображения Display>Slab - сечение изображения


Слайд 20

3D - изображение Display>Use OpenGL Rendering Отображаются Ленты и Поверхности


Слайд 21

Render in solid 3D Отображаются боковые цепи


Слайд 22

Управление изображением


Слайд 23

Стерео изображение Display>Stereo View red and blue


×

HTML:





Ссылка: